Los espectrofotómetros FTIR (transformada de Fourier infrarroja) están basados en la interacción de la radiación infrarroja con la materia. El principio de funcionamiento es el habitual en los espectrofotómetros: incide radiación de cierta longitud de onda sobre la muestra y se evalúa la radiación que es transmitida o absorbida.
La espectrofotometría infrarroja (IR) se basa mayormente en la espectrofotometría de absorción y suele emplearse para la identificación de sustancias químicas en materiales. Esta técnica permite la identificación de grupos funcionales de materiales orgánicos, pinturas y determinadas estructuras de muestras sólidas y líquidas.
La región del espectro electromagnético denominada Infrarroja se compone por tres regiones: infrarrojo cercano, infrarrojo medio e infrarrojo lejano. Los espectrofotómetros FTIR suelen trabajar en la zona del infrarrojo medio, con rango desde 4000 cm-1 a 400 cm-1, lo que equivale a 2500nm a 25000nm. En esta zona se aprecian vibraciones fundamentales de las sustancias químicas y por tanto permite estudiar la estructura rotacional.
Los espectrofotómetros FTIR proporcionan un espectro infrarrojo, que consiste en un gráfico de absorbancia/transmitancia en el eje Y en función de la longitud de onda, en el eje X. Las unidades típicas para el eje X son el número de onda en cm-1. Las bandas de absorción características de casi todos los grupos funcionales se encuentran entre 4000 y 800 cm-1.